除草剂对作物的选择性是相对的。只有在一定的条件下，合理使用，才对作物安全。在生产中使用除草剂，有多种原因可引起作物药害。
在生产中，许多药害是由于使用技术不当造成的。使用时期不正确、使用剂量过大或施药不均匀等都可能造成作物药害。如2.4-D在小麦4叶期至拔节期使用很安全，但在小麦3叶期前和拔节后使用，就会造成药害。在喷药时，发生重喷现象也会造成作物药害。
有机磷或氨基甲酸酯类杀虫剂能严重抑制水稻植株体内芳基酰胺酶的活性。如把敌稗与这些杀虫剂混用，敌稗在水稻植株不能迅速降解，而造成水稻药害。
喷施易挥发的除草剂，如短侧链的苯氧羧酸类除草剂，其雾滴易挥发、飘移到邻近的作物上而发生药害。如在喷施24-D丁酯时，如果邻近种有棉花等敏感作物，就可能导致棉花药害。
在通气不良的稻田，过量或多次使用杀草丹，杀草丹发生脱氯反应，生成脱氯杀草丹，会抑制水稻生长，造成矮化现象。
喷施过除草剂的喷雾器或盛装过除草剂的药桶，应清洗干净。如未清洗干净，残留有除草剂，再次使用时，可能造成敏感作物的药害。喷施24-D丁酯除草剂的喷雾器最好专用，因为该药不易清洗干净。对喷施过超高效除草剂的喷雾器也需清洗干净。因为残留在喷雾器中少量的药液也可能造成敏感作物的药害。
有些除草剂的残效期很长，被称为长残效除草剂，如绿磺隆、甲磺隆、胺苯磺隆、氯嘧磺隆、咪草烟、莠去津和广灭灵等。使用这些除草剂后，如下茬种植敏感作物有可能发生药害。这种药害被称为残留药害。
使用除草剂后，遇到异常气候如低温、暴雨等可能导致药害发生。如在正常的气候条件下，乙草胺对大豆安全。但施用乙草胺后下暴雨，大豆则会受害。
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